接下来，靖难之役爆发，朱能跟着朱棣先迎战耿炳文，在真定之战中，朱能仗着一身肝胆，单枪匹马约战耿炳文，最终将耿炳文击败，斩杀3000多人随后，建文帝更换李景隆为将，朱能在郑村坝轻易将李景隆击败建文二年，朱棣攻打济南，济南守将盛庸的铁血防守，让朱棣寸步难进，朱棣在攻城期间，一度陷入盛庸的。